花戏楼，原为关帝庙，始建于清顺治十三年（1656年），为山西商人王璧、陕西商人朱孔领发起筹建。
清康熙十五年（1676年），由陕西、山西的药商在关帝庙的基础上修建为戏楼。
清乾隆五年（1740年），重建。
乾隆三十一年（1766年），建新大殿，增置座楼，藻采歌台，这当是东西座楼建始，戏楼增加藻井彩绘。
乾隆四十九年（1784年），对大关帝庙重修一次。
1979年，亳州市文管局对花戏楼进行了全面落架维修。
2008年9月24日，中华人民共和国国家文物局关于安徽亳州花戏楼维修方案的批复（文物保函〔2008〕985号），安徽省文物局对亳州花戏楼维修项目方案设计实施维护修缮。
2010年9月17日，经全国旅游景区质量等级评定委员会下文批准为国家AAAA级旅游景区。
2014年3月，亳州市文化旅游局对花戏楼进行扩容提升工程。扩容提升项目包括对原六中场地改造，增加绿化景观、旅游服务设施、北出口等，对糖业会馆进行修复改造，修缮山门及东西耳房，复建糖业会馆大殿及厢房；复建咸宁寺，恢复涡河古码头等。扩容提升项目总规划面积约7000㎡。
2011年12月，全国政协委员、中国作家协会副主席、书记处书记廖奔先生在亳州进行历史文化考察时，参观完花戏楼精美绝伦的砖雕、木雕后欣然题“花戏楼甲天下”，是对花戏楼美轮美奂的建筑与雕刻艺术的充分肯定与评价。
2015年4月，花戏楼扩容改造项目一期工程北门墙外场地改造事宜完成。场地内增设了特色花池、绿色草皮砖等。
